経理ポータルの点検 分からなかったこと

いつもお世話になっております。有限会社タイヤマネージャー フーの向畑です。
8/27 にご回答いただいた割増賃金の件（3. 割増賃金 (2)）の続きで、これからの給与計算についてご相談させてください。

当社の給与計算は、残業手当を「1日8時間を超えた時間」だけで計算しています。土曜も出勤して1日8時間の日が6日ある週（48時間）が、月に数回あります。

就業規則（今の規則）第33条に「毎月16日を起算日とする1ヶ月単位の変形労働時間制により勤務させることがある」「当該1ヶ月の毎日の勤務時間、始業・終業の時刻を定め、対象期間開始日の1週間前までに社員に通知する」とあります。新しい就業規則（まだ施行していません）にも、第27条第3項に「毎月1日または賃金計算期間の初日を起算日とする1ヶ月単位の変形労働時間制」があります。
シフト表は暦の月（1日〜末日）ごとに作っています。休みの日は年間の予定として先に決めておき、希望休・指定休は前の月の25日までに決めて社員に知らせています。シフト表には日ごとに出勤か休みだけを書いていて、始業・終業の時刻は書いていません（就業規則の時刻で勤務しています）。

1. 今のシフト表の作り方で、1ヶ月単位の変形労働時間制を使っている（1週40時間を超える週があっても、変形期間を平均して週40時間以内なら時間外にならない）と言えますか。今の規則は16日起算・1週間前までの通知で、シフト表の月（1日〜末日・前の月の25日に確定）とずれています。
2. 言えない場合、どうすれば使えるようになりますか（例：新しい就業規則で起算日を毎月1日にする、シフト表に日ごとの始業・終業の時刻を書く）。新しい就業規則の施行と届出のほかに要ることがあれば教えてください。
3. 使えている場合、時間外は「1日（8時間かシフトの時間を超えた時間）」「1週（40時間かシフトの時間を超えた時間）」「変形期間の合計（法定の枠を超えた時間）」の3つで数えればよいでしょうか。給与の計算期間（16日〜15日）と変形期間がずれるときは、どの月の給与で払えばよいでしょうか。
4. 当社の事業場は2つ（本社・五日市／志和工場）で、どちらも常時10人未満です。仕事はタイヤの販売・交換・整備です。週44時間の特例措置対象事業場に当たりますか。
5. 変形労働時間制を使っていたと言えない期間があった場合、その期間の1週40時間を超えた時間（1日8時間を超えた時間を除く）の精算は要りますか。要る場合、8/27 のご回答のとおり月給制の社員は25%分を払う形でよいでしょうか。時給制の社員はどうなりますか。

お忙しいところ恐れ入りますが、ご確認をお願いいたします。